Como forma de recompensar os jogadores que se dedicam às suas capturas, o Poke Arkus apresenta um sistema de pontos único baseado na raridade do Pokémon. Quanto mais difícil for a captura, maior será a quantidade de pontos obtida.
Ao atingir a quantidade máxima necessária de pontos para um Pokémon específico, a próxima Pokébola lançada garantirá a captura desse Pokémon, com exceção da Premier Ball, que ignora completamente o sistema de pontos.
Para saber quantos pontos um Pokémon precisa para ser capturado, basta abrir o Menu do Poke Arkus, localizado no centro superior da tela, e clicar na Pokébola brilhante com o nome "Informações de Captura". Em seguida, localize o Pokémon desejado, como por exemplo o Bewear, um Pokémon de Runa de Dungeon. Ao passar o mouse sobre a imagem do Bewear, você verá a quantidade de pontos necessários para capturá-lo. No caso do Bewear, são necessários 100 mil pontos (100k). No entanto, não se preocupe, pois você não precisará derrotar 100 mil Bewear para isso. Ao lado do Bewear, você verá diferentes Pokébolas, algumas iluminadas, como a Heavy Ball, Yume Ball, Dusk Ball e Delta Ball.
As três primeiras são chamadas de Bolas Elementais e, quando usadas em Pokémon do mesmo tipo, concedem 6 pontos por lançamento. A Delta Ball é uma Pokébola especial, pois sempre concede 6 pontos e tem o dobro de chance de captura, em Pokémon Shiny ou Especiais, ela concede 10 pontos em vez de 6. No caso do Bewear, sendo um Pokémon Especial, ele recebe 10 pontos por Delta Ball.
Há também a Luxury Ball, que sempre concede 14 pontos e tem 3,5 vezes mais chance de captura, mas é mais cara que a Delta. A Premier Ball, como mencionado anteriormente, ignora completamente o sistema de captura, oferecendo 2,5 vezes mais chance de captura, mas concede 0 pontos.
Para ajudar na captura por pontos, existe o charme Catch Boost, que adiciona 1 ponto extra para qualquer Pokébola lançada e ainda tem uma pequena chance de 10% de conceder 5 pontos adicionais.
Para incentivar as capturas, existe a seção de Daily Catch, onde você pode escolher a dificuldade entre Beginner, Very Easy, Easy e Hard, aumentando progressivamente as recompensas. Você pode realizar o Daily Catch quantas vezes quiser por dia, mas só receberá a recompensa nas duas primeiras concluídas. Caso apareça um Pokémon que você não queira capturar, é possível resetar o Daily Catch pelo custo de 1 diamante. Se você for VIP, tem direito a 2 resets gratuitos por dia; se for VIP Plus, são 5 resets gratuitos.